A Faculdade de Medicina da Universidade Agostinho Neto (FMUAN) teve a sua origem remota em 1963, então com a designação de Curso Médico-Cirúrgico dos Estudos Gerais Universitários de Angola, criados pela Administração Portuguesa pelo Decreto-Lei 44530, de 21 de Agosto de 1962, após a publicação, em 23 de Julho do mesmo ano, do Decreto-Lei 44472 que anulou o Diploma Legislativo nº 3235, de 21 de Abril de 1962 do Governo Geral de Angola.
A designação de Curso Médico-Cirúrgico manteve-se mesmo depois de, em 1968, por força do Decreto-Lei 48790 de 23 de Dezembro, os Estudos Gerais Universitários de Angola passarem a designar-se Universidade de Luanda. Somente depois, quase um ano passado sobre a data da independência nacional e quando em 28 de Setembro de 1976 o então Ministro da Educação António Jacinto assina a Portaria 77-A/76 que transforma a Universidade de Luanda em Universidade de Angola, se extinguem nesta Universidade os Cursos, como o Curso Médico-Cirúrgico, e passam a denominar-se Faculdades. Assim, surge pela primeira vez a designação de Faculdade de Medicina, embora da Universidade de Angola.
A denominação actual de Faculdade de Medicina da Universidade Agostinho Neto decorreu da Resolução 1/85 do CDS, publicada em Diário da República 9 -1ª Série em 28 de Janeiro de 1985, na qual a Universidade de Angola passou a chamar-se Universidade Agostinho Neto (UAN), em homenagem ao Fundador da Nação e Primeiro Presidente da República, que foi o seu primeiro Reitor.
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